潛伏期為兩到四天,常集聚發熱,發熱多為低度或中等度,可見四十攝氏度以上甚至引起驚厥。熱程大多兩到四天,年齡較大的患兒可訴咽痛,咽痛者可影響吞咽,嬰幼兒表現為流涎,拒食,煩躁不安,有時伴有頭痛,腹痛或者肌痛。
五歲以下的小兒可有四分之一伴發嘔吐,典型癥狀多在咽部,表現為咽部充血,起病兩日內口腔黏膜出現數個周圍繞以紅暈,兩到三日紅暈加劇擴大,皰疹破潰形成黃色潰瘍。此種黏膜疹多見于扁桃體前柱,也可位于軟腭扁桃體上,但不累及齒齦及黏膜。病程為四到六天的可以延續兩周,部分手足口病患者以皰疹性咽峽炎為首發癥狀,隨后可在手掌,足底,臀部等出現紅色的皮疹,所以要及時進行治療護理。