慢性胰腺炎的藥治療最常用的一線藥物是抗生素,只有5%的患者有明確的細菌感染,對于二型胰腺炎宜口服敏感的抗生素為主,療程是四到六周,用藥期間療效不滿意改用其他的敏感抗生素,不推薦前列腺內注射抗生素的治療方法,對于3a型前列腺炎,推薦口服的酮類等抗生素二到四周,只在患者的臨床癥狀有減輕的時候才建議繼續使用抗生素。
推薦的總療程是四到六周,部分只用患者可能存在沙眼衣原體或者是解脲支原體的感染,這個時候可以口服四環素和大環內酯類的抗生素治療,對于3b型前列腺炎,不推薦使用抗生素治療,另外可以選擇的藥物包括α受體阻斷藥,來改善排尿癥狀和疼痛,α受體阻斷藥可能對未治療過或者是診斷得前列腺炎的患者比較效果好一些。