正常人小腸內的細菌比較少,如果腸道運動減弱或者因胃腸道手術引起的小腸淤滯時,可以導致腸道內致病菌比如金黃色葡萄球菌、艱難梭狀芽孢桿菌等過度生長,慢性嚴重性萎縮性胃炎或者某些原因導致胃酸缺乏時小腸上段的PH值梯度上升,小腸下段以及結腸細菌出現上移,就可以導致小腸細菌過度生長。
它的結果可以使結核膽酸分解為游離膽酸,從而影響脂肪的吸收,細菌競爭性攝取營養物質影響糖、蛋白質的吸收消化,電解質競爭性的奪取食物中的維生素b12、維生素a、維生素d造成巨幼紅細胞性貧血和骨質軟化,代謝產生的短鏈脂肪酸和氣體可引起腹脹、腹痛。