并非所有的人都適合做胃鏡,比如不愿意或者不能夠合作的人,精神病人和智力低下的人不適合,身體存在影響胃鏡進入的因素,比如脊柱嚴重畸形的病人也不適合,咽部有急性炎癥的人比如急性咽炎、化膿性扁桃體炎的人也不要做胃鏡,正處在支氣管哮喘發作期的病人也不適合做胃鏡檢查。
有嚴重的心血管腦部疾病的人,比如患有心絞痛、心衰的病人不適合作為胃鏡檢查,被懷疑有胃穿孔的病人也不適合,再就是剛做過胃腸道鋇劑造影檢查的病人三天內不能進行胃鏡檢查,因為胃內殘留鋇的劑會影響內鏡的觀察,存在肛門及直腸狹窄的病人患有非常嚴重潰瘍性結腸炎的病人,以及孕婦不適合做結腸鏡檢查。