膈疝的手術方式有經腹手術,經胸手術以及胸腔鏡,腹腔鏡手術等,經腹膈肌修補術最為常用。對于較大的膈肌缺損,可以考慮補片或者皮瓣修補,開腹手術適用于新生兒和嬰幼兒的左側隔疝及部分肝臟疝入較少的右側隔疝,可同時糾正腸旋轉不良等伴發畸形。
心胸手術適用于較大患兒,常有肺部反復感染,疝入臟器形成與肺和胸壁炎性黏連,另外右側肝臟上如較多的話肝臟會嵌壁。經胸手術相對方便,胸腔鏡,腹腔鏡手術在近年來治療開展逐步增多,但腸道可能存在的畸形,容易被忽略。
對于膈肌缺損較大的膈疝修補,難以直接進行,可以采用補片或者腹橫肌帶蒂肌瓣、背闊肌瓣來修補膈肌。