實驗室檢查白細胞計數和分類大多正常,如白細胞總數增多,中性粒細胞比例升高,C反應蛋白明顯高于正常,應考慮合并細菌感染,取咽部泡液或糞便,經組織培養或接種于乳鼠可得致病病毒。同時可取急性期及恢復期血清進行特殊的中和抗體,補體結合或血凝抑制試驗,以助確診。
在疾病流行期間,根據典型癥狀和特征性咽峽部損害即可做出診斷,最好通過從損害處分離到病毒或通過特征新的抗體滴度升高加以證實,但這些檢查并不推薦常規采用。皰疹性口腔炎任何季節均可發病,呈現更大持續更久的潰瘍,柯薩奇a組病毒也會引起類似病變,但口咽部損害突出,治療對癥處理。