普通型流腦的治療,主要是一般治療和病原治療,盡早應用細菌敏感并能透過血腦屏障的抗菌藥物,青霉素不易透過血腦屏障,即使腦膜炎癥也僅有10%至30%藥物透過,但對敗血癥病人療效好。成人每日20萬單位每千克,兒童20至40萬單位每千克,分次靜脈滴注療程五到七天,氯霉素對腦膜炎球菌有良好的抗菌活性,易通過血腦屏障,腦脊液濃度為血濃度的30%至50%,但須注意對骨髓造血功能有抑制作用一般不作為首選。
爆發型流腦要密切監測病情變化,在病原治療的同時,抗休克,降顱壓預防DIC,給予病人營養豐富清淡可口,高熱量,高維生素,易消化的流質或半流質飲食,供給足夠水分。嘔吐頻繁不能進食者,可根據醫囑補液,昏迷者給予鼻飼保證足夠的營養攝入。