對于外科手術后,壞死性小腸結腸炎可能會出一些感染性并發癥,這些感染性并發癥包括膿毒血癥、腦膜炎、腹膜炎,偶爾也有腹腔內膿腫形成,產生的炎癥反應可以導致凝血功能障礙或者彌散性血管內凝血、呼吸或者心血管功能缺陷以及代謝性并發癥,例如低血糖和酸中毒,了解這些并發癥,有助于進一步觀察和治療,更便于與家長進行溝通。
對于腸造瘺手術可能也會出現一些遠期的并發癥,遠期并發癥包括腸狹窄,大于30%接受內科或者外科治療的此病患兒可發生腸狹窄,以及10%接受外科治療的本病患兒發生短腸綜合征,當壞死性小腸結腸炎病變腸管切除后,剩余功能性腸管不能充分吸收液體以及營養物質時,可發生短腸綜合癥。