在選用抑制胃酸分泌的時候它是一個治療反流性食管炎的重要的措施。推薦開始治療時使用標準劑量的質子泵抑制藥,治療四到八周。如果標準劑量患者癥狀不能減輕的話,應該用雙倍的標準量進行治療。治療四周之后患者癥狀減輕,可以采用標準劑量的質子泵抑制藥伴半量或者是推薦劑量的h2受體拮抗藥治療,患者癥狀緩解是臨床治療的終點。
黏膜保護單藥治療只適合于輕度的患者,中度和重度的患者應該和質子泵抑制劑或者是h2受體拮抗劑一起使用。促進胃腸動力的藥物可以選擇性的用于部分患者,主要是用于診斷存在胃食管動力異常,比如食管下段會松弛,食管排除障礙或是胃排空延遲等等。
一般認為幽門螺桿菌和反流食管炎的感染是沒有很明確的關系,由于幽門螺桿菌陽性的話加上長期服用質子泵抑制藥可能會誘發或加重胃體黏膜的萎縮,所以要慎重一些。