術后并發癥包括腸粘連和腸梗阻,腸切除、腸吻合術后針對吻合口可能出現的并發癥,吻合口狹窄和吻合口瘺,腸道開放手術后可能造成的腹腔內感染。由新生兒腸閉鎖的發生部位和嚴重程度相關的并發癥,如術后的腸功能恢復延遲、功能性腸梗阻等。
有些病例甚至需要施行二次手術,和其他腹部手術一樣,切口相關的并發癥有切口出血和切口感染,由于新生兒的腹壁發育尚未完全,可能由于腹部手術后,腹腔內腸管蠕動尚未恢復,引起腹脹并可能導致切口裂開。如果出現切口全層裂開,表現為切口有淡血性的液體滲出,結果全層裂開需要再次手術縫合切口。