腸旋轉不良的總體預后良好,手術相關死亡率在3%到9%,在中腸扭轉,小腸壞死,早產兒和合并其他畸形的患兒中死亡率增加,改善預后的關鍵因素包括,將患兒置于重癥監護室治療,進行周圍和中心靜脈營養支持。
早期診斷,對腸扭轉的高度警惕,緊急處理技術的提高,均明顯改善,腸旋轉不良的預后。
長期預后的隨訪對于切除壞死腸管后營養吸收障礙,以殘存腸管的長度和功能而定,有時遺留間歇性腹痛頑固的消化吸收障礙貧血,血漿蛋白質偏低,術后胃腸道功能紊亂是常見現象,
第二是再次扭轉發生率低,腸扭轉復發,在開放性手術小于0.5%,但在腹腔鏡手術中可高達19%,腸系膜根部分離不夠,系膜展平后寬度不夠,術后腸管間黏連少是增加腸扭轉復發率的高危因素,黏連性腸梗阻在開放性手術多間見,50%的黏連性腸梗阻需要再住院,25%需要再手術。理論上黏連性腸梗阻的發生率在腹腔鏡手術中較低,新生兒腹腔容量少,腹腔鏡手術具有一定困難,評估腹腔鏡治療腸旋轉不良的合理性與效果還需長期研究。