病變表現為同時累及回腸末端與鄰近右側結腸者;只涉及小腸者;局限在結腸者。病變可涉及口腔、食管、胃、十二指腸,但少見。
大體形態上,克羅恩病特點為:1病變呈節段性或跳躍性,而不呈連續性;2黏膜潰瘍的特點:早期呈鵝口瘡樣潰瘍;隨后潰瘍增大、融合,形成縱行潰瘍和裂隙潰瘍,將黏膜分割成鵝卵石樣外觀;3病變累及腸壁全層,腸壁增厚變硬,腸腔狹窄。
組織學上,克羅恩病的特點為:1非干酪性肉芽腫,由類上皮細胞和多核巨細胞構成,可發生在腸壁各層和局部淋巴結;2裂隙潰瘍,呈縫隙狀,可深達黏膜下層甚至肌層;3腸壁各層炎癥,伴固有膜底部和黏膜下層淋巴細胞聚集、黏膜下層增寬、淋巴管擴張及神經節炎等。
腸壁全層病變致腸腔狹窄,可發生腸梗阻。潰瘍穿孔引起局部膿腫,或穿透至其他腸段、器官、腹壁,形成內瘺或外瘺。腸壁漿膜纖維素滲出、慢性穿孔均可引起腸粘連。