具有持續或反復發作腹瀉和黏液膿血便、腹痛、里急后重,伴有(或不伴)不同程度全身癥狀者,在排除急性自限性結腸炎、阿米巴痢疾、慢性血吸蟲病、腸結核等感染性結腸炎及結腸克羅恩病、缺血性腸炎、放射性腸炎等基礎上,具有結腸鏡檢查重要改變中至少1項及黏膜活檢組織學所見可以診斷本病(沒條件進行結腸鏡檢查,而X線鋇劑灌腸檢查具有其X線征象中至少1項,也可以擬診本病)。
初發病例、臨床表現、結腸鏡改變不典型者,暫不作出診斷,須隨訪3~6個月,觀察發作情況。應強調,本病并無特異性改變,各種病因均可引起類似的腸道炎癥改變,故只有在認真排除各種可能有關的病因后才能作出本病診斷。