在食道閉鎖的患兒長期并發癥中,食管的功能障礙占有很重要的地位,食管功能障礙和食管內在神經分布異常有關,也可導致反復隱匿性吸入事件發生,引起呼吸系統并發癥。
長期的隨訪發現,青少年中,輕中度吞咽困難,約占20%,成人中增加至48%,食道閉鎖、胃食管反流可以持續至成年,新生兒期接受吻合手術治療的成人往往享受較好的生活質量,生活質量測試顯示,相比結腸替代治療,原位的食管修補的患者享有更好的生活。
心理評估測試顯示,相比正常人群食道閉鎖的患者在成年以后在學習、情感、交流行為上存有一定困難,尤其在高危險人群中,如果合并了其他重要先天畸形或者新生兒期需要長時間機械通氣者,其認知性能明顯受損。