前列腺結核需與非特異性前列腺炎及前列腺癌鑒別,慢性前列腺炎病人癥狀一般較為明顯,有結節形成者,范圍較局限,常有壓痛,經抗感染治療后,結節可縮小甚至消失,前列腺癌發病多為老年人,影像學檢查及前列腺特異性抗原測定有助于診斷,必要時需做前列腺穿刺活組織檢查。
附睪結核需與非特異性慢性附睪炎鑒別,附睪結核腫塊常不規則,病程緩慢,常可觸及串珠樣、粗硬的輸精管,如附睪病變與皮膚粘連或形成陰囊皮膚竇道,附睪結核診斷不太困難,非特異性慢性附睪炎很少形成局限性硬結,一般與陰囊皮膚無粘連,常有急性炎癥發作史或伴有慢性前列腺炎。
附睪結核有時需與睪丸腫瘤鑒別,b超有助于鑒別。