腎結核需與非特異性膀胱炎和泌尿系統其他疾病引起的血尿進行鑒別。腎結核引起的結核性膀胱炎,癥狀常以尿頻開始,膀胱刺激癥狀長期存在并進行性加重,一般抗生素治療無效。非特異性膀胱炎主要系大腸桿菌感染,多見于女性,發病突然,開始即有明顯的尿頻、尿急、尿痛,經抗感染治療后癥狀很快緩解或消失,病程較短,但易反復發作。
腎結核的血尿特點是常在膀胱刺激癥狀存在一段時間后才出現,以終末血尿多見,這和泌尿系統其他疾病引起的血尿不同。泌尿系腫瘤引起的血尿常為全程無痛性肉眼血尿;腎輸尿管結石引起的血尿常和腎絞痛相伴隨;膀胱結石引起的血尿,排尿有時尿線突然中斷,尿道內劇烈疼痛。非特異性膀胱炎血尿主要在急性階段出現,血尿常與膀胱刺激癥狀同時發生。但最主要是腎結核的尿中可以找見抗酸桿菌或尿結核桿菌培養陽性,而其他疾病的尿中不會發現。