目前認為肝癌的發生是一個多階段、多因素協同作用,經過啟動,促癌和演進跟多步驟過程,以及多個癌基因相關參與,多個基因發生突變的結果。
肝癌的病因尚未明完全明確,根據現有的資料目前認為肝炎病毒,黃曲霉毒素,飲水污染是肝癌發生的三個相關因素。另外的發病原因與飲酒因素,遺傳因素以及營養不良,農藥、性激素、肝吸蟲、微量元素的缺乏有關。
對于肝癌的主要的發病原因,肝炎、乙肝、肝硬化,認為它是發病的主要原因。黃曲霉毒素自二十年世紀六十年代發現以來,被證實可以誘發動物的肝癌。誘發肝癌最小劑量每天僅需十微克即可引起,而且流行病學發現飲水用的污水與肝癌的發生也有密切的關系。