消化系統疾病的治療一般分為一般治療、藥物治療、手術或介入治療三大方面。
一般治療中,生活方式的改變,如調整飲食結構,加強運動,戒煙,節制飲酒,對于消化系統慢性病,如脂肪肝、胃食管反流病等是重要的。
藥物治療中針對病因或發病環節的治療,改變了疾病的自然史,內鏡下微創技術的開展,另以往需要外科手術的多種消化系統疾病,可用創傷較小的內鏡治療所替代。
肝移植大大改善了肝硬化及其并發癥的預后,消化統疾病可源于其他系統也可影響其他系統。
因此治療不宜只針對某一癥狀和局部病灶,而應進行整體和局部相結合的療法。