真菌多在土壤當中生長,孢子飛揚于空氣中,可能被吸入到肺部引起肺部的真菌感染。比如曲霉菌、諾卡菌、隱球菌,還有莢膜組織胞漿菌。有些真菌為寄生菌,當人體免疫功能低下的時候會引起機體的感染,比如常見的念珠菌。它為口腔、皮膚、腸道以及陰道的寄生菌,而放線菌為口腔齲齒寄生菌。
體內其他部位真菌感染也可以循淋巴或血液到肺部,例如頸部頜下病灶中的放線菌,此類均為繼發性肺部的真菌感染。另外靜脈營養療法的中心靜脈插管,如果留置時間過長,高濃度的葡萄糖雖然不適合細菌生長,但是白色念珠菌能夠生長引起白色念珠菌性中毒癥。真菌孢子也極易被人體吸入而致敏,致敏機體再次吸入真菌物質,可以引起支氣管哮喘的過敏性肺泡炎,病情遷延不愈。