基本上扁桃體炎本身是良性的疾病,不過,問題會出在病原菌本身、感染的嚴重度和機體抵抗力的強弱。如果這致病菌只是造成扁桃體的局部感染,感染病程過去就沒事了。但有的致病菌會有全身性的影響,就可能有較復雜的病程或不好的后遺癥,如關節炎、腎炎、心肌炎、心內膜炎等。
扁桃體炎具有傳染性,所以孩子有扁桃體炎,若可以應盡量不出門,嚴重的患兒要多休息并攝取適當的水分。有些孩子經常反復感染,扁桃體變得比一般腫大,也有些人先天就較大,經常感染后更大。有時會影響呼吸或造成睡覺時鼾聲很大,甚至影響睡眠質量,可考慮做扁桃體切除手術。