應用環磷酰氨治療腎小球腎炎時應注意不宜單獨使用環磷酰胺,常與激素聯合應用,常用方法為成人口服五十至一百毫克每日一次或二百毫克稀釋后隔日靜脈推注,總量為八至十克,少數病人可以達到十二克,近年來也有人主張使用沖擊療法,即大劑量靜脈注射每月一次每次一克。
治療期間應多飲水或靜脈補液,以免發生出血性膀胱炎,定期監測肝功能及血象,若肝功能受損和血白細胞數降至3*10^9/L時應停藥,用藥期間及停藥一年之內,不適宜妊娠,此藥可以導致胎兒畸形,長期使用此藥有誘發腫瘤的可能。環磷酰胺可以抑制男性精子發育停藥后可以恢復。