其實主要的方法有兩種,第一就是直接涂片,皮膚真菌病的標本,用毛發,皮屑,甲屑、痂等,直接涂片是最簡單而重要的診斷方法,取標本置于玻片上,加一滴10%的氫氧化鉀溶液,蓋上蓋玻片,在酒精火焰上稍加熱,如見角質層厚,輕輕加壓蓋玻片,使標本透明,即可鏡檢,可用于檢查有無菌絲或孢子,但是不能確定菌種。
還有一種方法是真菌的培養,它是鑒定比如甲真菌病的一種非常好的方法,可以提高真菌的檢出率,并能確定菌種,標本接種于葡萄糖蛋白瓊脂凝膠,置室溫或者37攝氏度,培養1到3周,必要時可行玻片小培養協助鑒定。群種鑒定常根據菌落的形態,及顯微鏡下形態判斷,對某些真菌,有時尚需配合其他鑒別培養基,生化反應,分子生物學方法確定,還有一種方法就是Wood燈檢查,即濾過紫外線燈檢查.