人體感染隱孢子蟲后寄生在小腸黏膜,破壞微絨毛引起小腸吸收障礙以及雙糖酶缺乏,引起滲透性的腹瀉。本病的臨床癥狀和嚴重程度,取決于宿主的免疫功能和營養狀況。
免疫功能正常的患兒感染程度比較輕者,多數可以表現為沒有癥狀性。如感染稍重主要表現為急性水樣腹瀉或稀糊樣便,一般沒有膿血。多數患兒持續數天或一到兩個月以后可以自行停止,呈自限性的腹瀉。
免疫功能低下的患兒,比如營養不良的患兒,腹瀉的病程一般比較長,可以達到數日至數月。由急性轉為慢性而反復發作者并不少見,遷延性和慢性隱孢子蟲腸炎的糞便多呈黏液稀便或稀水樣便,常可以伴有腹痛、腹脹、惡心、嘔吐、食欲減退、低熱等。