一般來說,結腸鏡總體來講檢查是安全的,但偶爾有可能會出現腸穿孔和心腦血管意外等一些并發癥。腸穿孔容易出現在結腸存在嚴重病變和營養情況較差的患者。心腦血管意外容易發生在既往存在嚴重的心腦血管疾病的患者。因此結腸鏡檢查不是每個人都能做的,以下情況均是結腸鏡檢查的禁忌癥:
嚴重的心臟病患者或身體衰弱不能耐受者;嚴重的高血壓病,肺功能不全,腦循環障礙者;腸道狹窄,近期手術有長穿孔可能者;做過腸道放射治療并發生腸道放射性壞死者;此外下消化道急性炎癥,腹腔炎,肛周膿腫,婦女月經期間以及精神病患者均暫不宜做此項檢查。