間質性膀胱炎鑒別診斷有以下幾個疾病:急性膀胱炎也可以表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激的癥狀,常有終末血尿,尿中有大量白細胞,尿培養可發現有細菌。
腺性膀胱炎也表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。但B超檢查可發現膀胱壁增厚或膀胱內占位性病變,膀胱鏡可見乳頭狀物,而非淺表潰瘍,活檢可明確診斷。
膀胱結核也可表現為真性潰瘍,常累及結核,腎側輸尿管口周圍可有膿尿出現,尿檢找到結核桿菌,泌尿系造影可顯示腎結核的典型改變。
寄生蟲病引起的膀胱潰瘍類似于間質性膀胱炎的表現,一般男性多發,根據尿中找到蟲卵或典型的膀胱病理特征可做出診斷。而非特異性的膀胱炎很少有膀胱潰出現,尿中可見膿細胞及感染菌,抗生素治療是有效的。