肛瘺需要和以下三種疾病相鑒別:
第一,肝門部的汗腺炎,毛囊炎,肛門周圍皮膚的汗腺,毛囊發生炎癥,常可以在肛周皮下形成瘺管,以及外口流膿,并不斷的向四周蔓延,檢查時可以見到肛周皮下多處漏管,以及外口,皮色發暗而且比較硬,肛管內沒有內口。
第二,骶前畸胎瘤,它是胚胎發育異常的先天性疾病,大多是在青壯年時期發病,在疾病初期沒有明顯的癥狀,如果腫瘤增大壓迫直腸,可以發生排便困難。如果繼發感染,可以從肛門后方破潰,而在肛門后尾骨前有外口,但是肛門指診??梢杂|及到骶前有囊性腫物,而沒有內口,手術可以見到腔內有毛發、牙齒、骨質等
第三,肛門會陰部急性壞死性筋膜炎,肛門或者會陰部,陰囊部由于細菌感染而使肛門部周圍大面積組織壞死,有的形成瘺管。此病的病變范圍比較廣,發病急,常常會蔓延到皮下組織及筋膜,向前侵犯陰囊部,但是肛管內沒有內口。