絕大部分直腸肛管周圍膿腫是由于肛腺感染引起的,肛腺開口于肛竇位于內外括約肌之間,因為肛竇開口向上呈一個口袋狀,存留糞便容易引發肛道炎。
感染延及肛腺后會導致括約肌間感染,蔓延至直腸肛管周圍間隙的疏松脂肪結締組織,感染極易蔓延擴散,向上可以到達直腸周圍形成高位的肌腱膿腫或者骨盆直腸間隙膿腫,如果向下達肛周皮膚可以形成肛周膿腫,如果向外穿過外括約肌可以形成坐骨肛管間隙膿腫,向后可形成肛管后間隙膿腫或者直腸后間隙膿腫。
以肛提肌為界將直腸肛管周圍膿腫分為肛提肌下部膿腫和肛提肌上部膿腫,前者包括肛周膿腫,坐骨直腸間隙膿腫,后者包括骨盆直腸間隙膿腫,直腸后間隙膿腫以及高位肌腱膿腫。