傳染性單核細胞增多癥為全身病毒感染性疾病,可發生多種并發癥,影響預后。傳染性單核細胞增多癥最嚴重的并發癥就是脾破裂,神經系統可以發生腦膜炎,橫貫性脊髓炎,格林巴利綜合征。
血液系統可有自身免疫性溶血性貧血,發生粒細胞減少,嗜酸性粒細胞增多,全血細胞減少或者是免疫性血小板減少性紫癜。神經系統有橫貫性脊髓病,小腦病變,腦膜脊髓神經和周圍神經等都可能受到累及而出現不同的神經系統的癥狀和體征。
另外,消化系統有肝功能異常,自發性脾破裂和食道靜脈曲張等。呼吸系統由上呼吸道梗塞,扁桃體周圍膿腫,咽喉部水腫,肺炎等。還可以有心肌炎和心包炎,但是此種并發癥比較少見。還可以有中耳炎和腮腺炎。