雷公藤常見的副作用包括刺激胃腸道黏膜,引起惡心、嘔吐、上腹不適,甚至消化道出血,能夠抑制骨髓的造血系統,使紅細胞、白細胞、血小板減少,病人常常蒼白無力,易發生感染,嚴重時甚至可誘發再生障礙性貧血,雷公藤還可引起胸悶、心悸、心律失常和心電圖的改變,極少數病人可發生心源性休克,而危及生命。
雷公藤經過泌尿系統排泄,可以損傷腎臟,但是這種損傷是可逆的,雷公藤的皮膚黏膜反應發生率可達40%,常為色素沉著,皮疹、皰疹、口腔潰瘍等,一般在停藥以后可以消失,除此之外,還可有精神神經癥狀,對于青少年患者,雷公藤可以損害生殖系統,影響性腺的發育。