經支氣管氣管支架植入術的主要并發癥為感染和再狹窄,偶有支架移位及出血等。支架遠端氣道分泌物聚集阻塞可導致感染,因此支架植入后初期應加強抗感治療、并鼓勵患者咳嗽,必要時經氣管鏡沖洗和吸引分泌物。肉芽和或腫瘤組織穿過支架網眼導致氣道再狹窄是常見的并發癥,可采用氬氣刀的方法去除增生組織。
植入支架后外部壓迫或病變仍繼續發展,反復劇烈咳嗽以及放化療后狹窄改善、原有組織增生水腫緩解均可導致支架移位。一旦發生支架移位可暫時取出支架,視情況再按需要植入合適的支架。出血也是支架植入后較為嚴重的并發癥。由于支架壓迫周圍血管導致血管壁壞死破裂,造成致命性的大出血。選擇適當口徑的支架可減少出血的發生。