功能性消化不良常用的藥物有抗酸藥、抑酸藥、促動力劑、胃黏膜保護劑、消化酶制劑等等。小部分的患者可能需要服用抗焦慮、抑郁藥物。
抗酸劑,比如說氫氧化鋁、鋁碳酸鎂等等。除了抗酸以外還能吸收膽汁,對伴有膽汁反流的患者可以選用。抑酸劑,目前廣泛應用于功能性消化不良的癥狀,適用于非進餐相關消化不良中以上腹痛,燒灼感為主要癥狀者。常用抑酸劑包括H2受體拮抗劑和質子泵抑制劑兩大類.
促動力劑包括多巴胺受體拮抗劑,如胃復安,嗎丁啉,選擇性五羥色胺受體激動劑,比如莫沙比利。助消化藥如復方消化酶,益生菌制劑可以改善與進餐相關的腹脹、食欲不振等癥狀。