孩子發生的腸套疊可以分為原發性以及繼發性腸套疊。其中原發性腸套疊屬于最多見的一種,大約有95%的腸套疊屬于此種原發型。這時發生套疊的腸段及其鄰近的腸管找不到明顯的器質性因素。它的發病年齡以兩歲以下的嬰幼兒最多見,尤其是四到十個月內的嬰兒,其中男孩的發病率是女孩兒的兩到三倍。
季節和氣候與發病率也有一定的關系,其中春季多見,可能與此時小兒上呼吸道炎和腺病毒感染較多有關,夏季冬季次之而秋季相對少見。另外有大概5%的孩子發生了腸套疊是繼發性腸套疊,這種與腸管有明顯的機械原因,比如存在腸道息肉,腫瘤或者腹部紫癜,腸壁溶血等等,這些因素牽引的腸壁而發生了腸套疊。