目前胸腺囊腫的治療尚有爭議。一些專家認為,因為術前不易確診。所有的胸腺囊腫均應手術切除,以明確診斷,且胸腺囊腫與胸腺有蒂相連,界限清楚,易于剝離。另一些專家則認為,如果能從囊腫的位置和CT等影像學特征上明確為胸腺囊腫,則可經皮細針穿刺治愈囊腫。
對于不能確診為胸腺囊腫的病人,特別是不能完全除外胸腺瘤合并囊性變及包蟲囊腫時,外科手術是必要的,可以達到確診和治療雙重目的。胸腺囊腫的切除的手術徑路有胸骨正中切口、前外側切口和后外側切口,目前大部分是通過電視胸腔鏡完成手術了。
從臨床上來講,由于胸腺囊腫是良性疾病,生長較緩慢,通過CT及磁共振等檢查并不能百分百確定為胸腺囊腫。針對兩公分以下,有典型胸腺囊腫CT表現的情況,也就是小的胸腺囊腫沒有癥狀,長期無變化不用治療,可觀察隨訪。
隨著腔鏡手術的普及,手術創傷小,且通過術后常規病理檢查可診斷胸腺囊腫或胸腺囊腫合并胸腺瘤的情況,如果囊腫在3公分以上或者在觀察中有進行性增大的建議手術治療。