慢性腸炎的治療主要是對癥處理,如腹瀉嚴重,可選用復方地芬諾酯,具有收斂作用,以減少胃腸蠕動。但只能短期應用,不能用于細菌性腹瀉的基本治療。還可以選用蒙脫石散,該藥對消化道病菌、病毒及細菌所產生的毒素有較強的選擇性,固定和抑制作用。一般是每次3克,每日3次服用。如腹瀉不緩解,還可選用鹽酸洛哌丁胺治療,有較強的止瀉作用。
對于腹痛明顯者,可選用阿托品、顛茄片、普魯本辛等解痙止痛劑。還可以應用胃腸道平滑肌的鈣離子拮抗劑,可抑制腸運動而減輕腹痛,如匹維溴胺、奧替溴銨等。對于腸道細菌感染引起者,病情較重,或有并發癥,應及時抗感染治療。如大腸桿菌、沙門菌感染,應用依諾沙星、氧氟沙星、環丙沙星等喹諾酮類藥物治療。