小檗堿甲氧芐啶膠囊的適應癥為敏感菌所致的胃腸炎，細菌性痢疾等腸道感染。鹽酸小檗堿和甲氧芐啶具有協同抗菌的作用。鹽酸小檗堿體外對多種革蘭陽性及陰性菌具有抑制作用，其中對溶血性鏈球菌、金黃色葡萄球菌、霍亂弧菌、腦膜炎奈瑟菌、志賀菌屬、傷寒桿菌、白喉桿菌等抑制作用較強。對阿米巴原蟲，也有一定的抑制作用。甲氧芐啶主要干擾細菌葉酸代謝，選擇性的抑制二氫葉酸還原酶，阻止核酸的合成。因此二者合用，抗菌作用較單藥增強，耐藥性菌株減少。
特殊人群用藥需要注意，一、孕婦及哺乳期婦女，必須權衡利弊后，決定是否服用。二、兒童用藥需要注意三點：1、鹽酸小檗堿可引起溶血性貧血，導致黃疸，故葡萄糖6磷酸脫氫酶缺乏的兒童禁用。2、本品中的甲氧芐啶，可能干擾哺乳嬰兒的葉酸代謝，新生兒及2個月以內的嬰兒應禁止用此藥。3、兒童正處于生長發育期，肝腎功能還不完善，用藥用量應酌減。三、老年患者用藥注意，由于老年人抵抗力較低，代謝能力減弱，在服用本品時，應注意血象的檢查。如出現嚴重不良反應，應立即停止用藥。禁忌人群，一、對鹽酸小檗堿和甲氧芐啶及磺胺類藥物過敏者禁用。二、葡萄糖6磷酸脫氫酶缺乏的兒童禁用。三、新生兒及2個月以內的嬰兒禁用。
