如果懷疑食管癌要確診的話，首選是胃鏡檢查，通過做胃鏡，不但能夠確定有沒有食管癌，還可以確定食管癌是長在食管的哪一個部分，是在靠進口側端，還是靠近胃那一端，甚至可以精確地定到多少公分，食管癌長的形狀、多大、有多深，可以對于食管癌做很精確的診斷，立體的診斷。
同時做胃鏡的時候，還可以取一塊食管癌的組織，然后去在顯微鏡下觀察，做病理的診斷。這樣病理可以判斷出，他到底是食管的鱗狀細胞癌，還是腺癌，還是鱗腺癌，還是其他的少見的腫瘤，比如類癌等等，都是能夠做精確的診斷。除了做胃鏡的檢查診斷食管癌以外，還可以做鋇餐。做鋇餐在吞鋇的時候，可以看到食管有一些，比如充盈的缺損，或者蠕動得不好，或者是有鋇劑的反流等等，這些情況都能夠幫助我們去診斷食管癌，但是它不像胃鏡，那么敏感和精確。
如果食管癌懷疑他已經到了進展期，出現了臟器轉移的時候，還要做一些像胸腔的CT，或者是腹腔的核磁。這些檢查看看他有沒有發生向淋巴結的轉移，向肺轉移，或者向肝轉移，這些臟器的轉移，來幫助我們確定食管癌的分期。根據分期和組織學的分型，好選擇對病人的最佳治療。
如果經過治療以后的病人，進行隨訪的時候，看要監測食管癌是不是有可能復發。這種情況，可以定期地做血的腫瘤標志物。如果在手術之前，指標是高，做了治療以后指標降到正常。如果治療之后，在隨訪的過程中，再次升高，一定要警惕是不是有腫瘤復發的可能性。所以在做食管癌的診斷的時候，胃鏡是首選的，消化道造影、CT、核磁、超聲，還有血液化驗都是輔助的診斷手段。
