兩性霉素B的副作用包括胃腸道反應以及一些其他反應,惡心,嘔吐,腹痛,發熱,寒戰,頭痛,頭暈,還可能出現貧血,血小板減少以及血栓靜脈炎等。對于肝腎以及造血系統有一定的毒性作用,為了減輕這些副作用,可以在治療前半小時以及治療后3小時給阿司匹林,嚴重者可用靜脈滴注氫化可的松或者地塞米松。
在用藥期間,應該每隔三到七天,檢查血常規,尿常規以及肝腎功能,血清肌酐大于2.5毫克每分升時,用藥應該減少,尿素氮少于40毫克每分升時應該停藥,停藥兩到五周恢復正常,再從小劑量開始給藥。注射部位容易發生血栓性靜脈炎,輸液部位應該從四肢遠端小靜脈開始。