食管癌的診斷只要是仔細詢問病史對懷疑食管癌病人及時的進行食管的x線鋇餐檢查、內鏡或脫落細胞學檢查,大多數的食管癌診斷并不困難。在臨床上食管癌要與下列的疾病相鑒別。第一食管外源性改變疾病,如有主動脈瘤、胸內甲狀腺、縱膈腫瘤、縱膈淋巴結腫大、主動脈弓屈曲延長,這些都可以壓迫食管產生吞咽梗阻的癥狀。第二食管功能失調,神經官能癥功能性食管痙攣、神經性吞咽無力、食管-賁門馳緩癥等。第三食管的良性腫瘤,食管癌要與食管的良性腫瘤相鑒別,比如食管的平滑肌瘤、食管腺瘤、食管內乳頭狀瘤、食管顆粒細胞肌母細胞瘤。
第四食管的其他的惡性腫瘤,食管除了食管癌外還有其他的惡性腫瘤。雖然說比較少見但也要進行鑒別,比如食管的肉瘤、食管癌肉瘤、黑素瘤,還有食管的淋巴肉瘤等。第五就是食管的其他良性疾病,比如食管的良性狹窄、憩室、血管瘤、食管結核食管靜脈曲張等。這些一樣需要與食管癌進行鑒別。