兒童再生障礙性貧血長期接觸X線、鐳及放射性核素等的人、感染肝炎病毒和微小病毒B19的人、長期接觸苯及其衍化物的人、經常使用氯霉素類抗生素、磺胺類藥物、抗腫瘤化療藥的人及患有陣發性睡眠性血紅蛋白尿的人易得。
長期接觸X線、鐳及放射性核素等,會影響骨髓細胞的生成,導致造血干細胞減少,引起兒童再生障礙性貧血。肝炎病毒可引起病毒性肝炎相關性再障,是病毒性肝炎最嚴重的并發癥之一。苯進入人體易固定于富含脂肪的組織如骨髓,苯的代謝產物對骨髓具有毒性作用,苯的衍生物可作用于造血祖細胞,抑制其DNA和RNA的合成,并能損害染色體。使用氯霉素類抗生素、磺胺類藥物、抗腫瘤化療藥等導致兒童再生障礙性貧血是較為常見的發病因素。陣發性睡眠性血紅蛋白尿和兒童再生障礙性貧血關系相當密切,可相互轉化。