室間隔缺損有自然閉合的可能,對于中小型缺損可以先在門診隨訪至學齡前期。對于有臨床癥狀,比如反復出現呼吸道感染或者充血性心力衰竭時,要進行相應的內科處理,主要是防止感染性心內膜炎、肺部感染和心力衰竭,可以通過給予強心、利尿,限制液體和鹽分的攝入,或者降低后負荷以及積極的處理呼吸道感染,能使患兒的心力衰竭得到控制,并且保證其正常的生長發育。
對于大中型缺損以及有難以控制的充血性心力衰竭時,肺動脈壓力持續升高超過體循環的二分之一,或者肺循環與體循環量之比大于二比一時,或者年長的兒童合并主動脈瓣脫垂或者反流等應及時進行手術治療。
大型缺損在六個月內發生內科難以控制的充血性心力衰竭,包括反復罹患肺炎和生長緩慢應該進行手術。六個月到兩歲的小孩雖然心力衰竭能控制,但是如果肺動脈壓力持續增高也應該及時進行手術修補。對于晚期器質性肺動脈高壓有雙向或者右向左分流為主者不宜進行手術,手術目前可以選用經皮介入封堵以及直視下室間隔缺損修補術兩大類方法。