口腔潰瘍發炎可以使用常規的抗生素,例如阿莫西林、紅霉素或者阿奇霉素等。而表面使用藥物,能夠快速的促進炎癥消退,例如西瓜霜噴霧劑、開喉劍噴霧劑,能夠快速的促進炎癥消退,并且可以適當的使用漱口水,例如康復新液、復方濃替硝唑含漱液、復方硼酸溶液等。
口腔潰瘍表面也可以使用促進愈合的藥物,例如重組人表皮生長因子凝膠以及外用溶液,或者可以選擇使用曲安西龍軟膏,如果潰瘍面較深大,可以在黏膜下注射潑尼松龍混懸液,并且配合利多卡因有止痛效果。同時也可以選擇使用激光理療的方法進行治療,這樣能夠促進潰瘍快速愈合,如果身體抵抗力較差者,可以使用免疫制劑,例如轉移因子、左旋咪唑。