下面四個方面的進行鑒別:
第一,器質性風濕病,有人認為,纖維肌痛綜合征與許多風濕性疾病并存,但是應高避免與所合并的器質性風濕病的漏診。另外,當類風濕性關節、強制性脊柱炎等這些疾病診斷明確的時候,疼痛就不能單純的用纖維肌痛來解釋;
第二,神經性風濕病,纖維肌痛綜合征的患者,疼痛呈刀割樣、火燒樣的劇痛或是麻木、發緊、針扎樣的劇痛,這些疼痛定位比較模糊,變化多端。而且常常與患者的情感、精神紊亂有關系,要與其他的精神性的風濕病相鑒別;
第三,慢性疲勞綜合癥,慢性疲勞綜合癥表現疲勞乏力。但是患者沒有低熱,沒有淋巴結腫大等,這是與這兩個疾病而鑒別的;
第四,肌筋膜綜合征又稱為局限性的纖維炎,也是有局部的壓痛點,容易與纖維肌痛綜合征的壓痛點相混。但是肌筋膜綜合征的壓痛是局部的,有激發點。疼痛會放射到其它的部位,但是纖維肌痛綜合征的疼痛是游走性的。