腎結核主要是由于血行播散到腎臟引起,還有一種情況是可以由生殖系統的結核經過淋巴系統逆行傳播到腎臟,腎結核菌達到腎皮質后在腎小球毛細血管叢,在腎皮質內形成多發細小的病灶,這種病灶有兩種轉歸,第一種是自然愈合不引起任何的癥狀,這種類型稱之為臨床型結核、非臨床型結核或病理性結核。
第二種情況是發生抵抗力比較差,對結核免疫力比較低,它可以逐漸發展為慢性進行性結核性病變,表現為臨床型腎結核,結核菌通過血行播散停留腎小球周圍毛細血管隨后形成了皮質的肉芽腫,再進一步發展為腎髓質結核、腎乳頭、腎小盞破壞形成空洞,冷膿腫進而侵犯到腎盂、全腎并向下尿路蔓延,腎結核在破壞的同時也發生纖維增生瘢痕化以及鈣化,沉濁最終才導致腎萎縮產生自截腎。