第一,依照臨床特征來合理選用,如需盡快建立一個腸道正常菌群,宜用雙歧三聯活菌膠囊(培菲康),其所含的糞鏈球菌、嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌分別定植在腸道上、中、下部位,迅速繁殖,作用快而持久,在整個腸道形成一道屏障。或選用金雙歧,亦為長雙歧桿菌、保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌的三聯活菌制劑,其中長雙歧桿菌更適宜國人。對痙攣性和功能性便秘者,可選用雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、乳酸菌、乳酸菌素等,其成分為乳酸菌、雙歧桿菌,這些活菌在繁殖中會產生有機酸,使腸管水分的分泌增加,同時腸道的酸性降低,促使大便中水量增多而使糞便易于排出。
第二,對偽膜性腸炎或食物中毒可首選酪酸菌,其耐酸且抗腐敗性強。
第三,微生態制劑大多數為細菌和蛋白,在服用時注意過敏反應。
第四,微生態制劑服后,對抗生素的耐藥性是否轉移,目前的研究暫時表明,除少數乳酸菌的抗藥基因有編碼可在遠緣細菌轉移外,大多數乳酸菌、雙歧桿菌的耐藥性為非轉移的。單鑒于缺乏大樣本循證醫學的研究結論,迄今只僅僅為推論。