由于機體免疫缺損或功能不全,臨床上常有一些患者經過治療后癥狀緩解,達到臨床痊愈,但體內病毒并未完全消滅而長時間持續存在,過了數月或數年后,由于疲勞受寒等各種因素的影響,致機體免疫功能、抵抗力下降,病毒又會活躍起來進行復制,當病毒復制到一定程度會激發體內強烈的免疫反應,破壞被感染的肝細胞出現臨床癥狀,如丙氨酸氨基轉移酶ALT增高、黃疸再現等,此時很像第二次發病,實際上是舊病復發。
目前認為乙肝反復發作的原因除機體免疫力下降和乙肝病毒復制外,還與其他病毒重疊感染、乙肝病毒基因變異有關,乙肝病毒基因變異后能逃避機體T淋巴細胞的攻擊,使病毒復制而發病,發病的誘因可促使上述因素起作用。