孕檢查發現沙眼衣原體主要是由于沙眼衣原體感染引起的泌尿生殖道的炎癥,女性者發生宮頸炎和尿道炎,70%到90%的婦女宮頸沙眼衣原體感染可以沒有癥狀,持續數月到數年,有癥狀發生時可出現陰道的分泌物異常,非月經期或性交后出血,尿道炎的癥狀有排尿困難,尿頻,尿急等。
衣原體宮頸感染如果不治療可向上發展為盆腔炎,表現為下腹痛,性交痛等,長期持續的感染可導致不孕,宮外孕和慢性的下腹痛,孕婦的生殖道沙眼衣原體感染可增加早產,低出生體重和胎膜早破的危險,如果未經有效的治療可傳染新生兒,引起新生兒的眼炎以及肺炎。