兒童孤獨癥的發(fā)病原因迄今不明，可能與家庭環(huán)境、遺傳、腦部疾病和母親在孕期服用某種藥物等有關(guān)。大多數(shù)人認(rèn)為，其中既有先天、生理方面的原因，又有后天環(huán)境方面的原因。
（1）腦部組織受損：兒童孤獨癥是由于腦部組織受到損傷造成。孤獨癥的中心表現(xiàn)是言語障礙，在孤獨癥患者的兩個大腦半球中以右半球的活動占優(yōu)勢。即優(yōu)勢半球不是負(fù)責(zé)盲語和思維的左半球，而是負(fù)責(zé)形象和創(chuàng)造的右半球。
（2）先天性生理缺陷：認(rèn)為該病與先天性生理缺陷有關(guān)，因為生理缺陷導(dǎo)致兒童的自卑，不愿與別人交往，從而導(dǎo)致孤獨。
（3）遺傳因素：有人認(rèn)為該病與遺傳有關(guān)，但迄今為止還沒有明顯的證據(jù)。
（4）家庭教養(yǎng)方式：研究發(fā)現(xiàn)該病與家庭教養(yǎng)方式有明顯的關(guān)系。患兒的父母往往有很高的智力，有許多是專業(yè)技術(shù)工作者，但對自己的子女采取的是一種不近人情的機(jī)械的教養(yǎng)方式。
（5）氣質(zhì)方面差異：父母與子女在氣質(zhì)方面差異太大，也容易對他們之間情感紐帶的建立帶來消極影響。
（6）其他：教育內(nèi)容不一致、嚴(yán)重的關(guān)注不足、體罰或精神虐待、杜會性需求受挫等，也可以是造成兒童孤獨癥的原因。
