第一,白塞氏病的發病周期時間比較長,而且在早期并沒有特異性的癥狀,它的診斷有時候比較困難。如果患者適宜反復的口腔潰瘍為主要癥狀時,注意與單純性復發性口腔潰瘍進行鑒別。
后者就是以反復發作為特征的口腔黏膜潰瘍性損害為主,不會出現其他臟器受累的表現。而白塞病,雖然早期是以口腔潰瘍為主,但隨著時間的延長,在疾病發展兩到三年后,會出現外陰潰瘍,眼炎,皮膚損害或者其他系統受累的情況
第二,如果白塞病患者是以關節腫痛為主,應該注意與錐頭綜合征以及脊柱關節病進行鑒別。后者一般具有反復的發熱,皮疹,陰部潰瘍等,極似白塞病。但是對于瑞頭綜合征來講,它的尿道炎癥狀比較突出,而且系統性損害不如白塞病嚴重。
而且患者大多化驗而HLAbRA為陽性,而且強直性脊柱炎患者主要是以下腰部痛為主,可以與白塞病鑒別。另外,針對系統性損傷,比如長白塞應該與炎癥性腸病進行鑒別,該病本身病情復雜,所以與之相鑒別的疾病也比較多。