流腦的傳染源是帶菌者和病人,病人從潛伏期末開始到發病十天內具有傳染性,健康帶菌者因為無臨床癥狀,這部分人比病人多十到二十倍,不容易被發現,所以帶菌者作為傳染源的意義更大。
腦膜炎雙球菌存在于病人或帶菌者的鼻咽分泌物中,經咳嗽、噴嚏、說話等由飛沫從空氣中傳播,由于病原菌在體外生活力極弱,通過日常用品間接傳播的機會很少,但密切接觸例如同睡、懷抱、喂乳、接吻等對兩歲以下的嬰兒傳播有重要的意義。
由于冬春季室內活動增多,人們之間接觸頻繁密切,有利于流腦的傳播和擴散,人對流腦普遍易感,但小兒患病比較多見,患病后可以獲得持久的免疫力,很少有人會再次得流腦,通過隱性感染獲得的群特異性抗體效價較低,只能保護機體免于發病,不能防止再感染。