新生兒隱球菌病的臨床表現,癥狀多起于生后不久或者是出生時也可發生于新生兒后期,起病較緩慢,當然也有急性起病,臨床表現常不典型,病初表現為吃奶差、哭聲異常或者十歲逐漸出現肢體痙攣或者驚厥,嚴重時出現角弓反張,伴黃疸和肝脾極度中大有的新生兒則黃疸持續不退而就診,體溫在正常范圍或者有輕到中度的發熱,可血小板減少以及出血傾向。
曾有報道發生白內障者,上述癥狀容易被認為是巨胞病毒或者是空心蟲感染所導致的神經系統,體征一般不明顯,顱內壓增高明顯的時候可有前線緊張或者突起,有些出血痙攣肌張力改變,巴彬斯基征陽性,頭顱x線攝片可見腦實質內斑點狀鈣化影,胸片顯示間質性肺炎以及局灶性肺不張,腦脊液檢查細胞數增多,以淋巴細胞為主蛋白增加糖以及氯化物,但以糖定量下降更為明顯。